-
基因组测序>
-
建库测序>
-
人类基因组测序>
-
动植物基因组测序>
-
微生物基因组测序>
-
-
转录调控测序>
-
表观组测序>
-
单细胞测序>
-
空间转录组>
-
基因分型>
-
质谱分析>
-
蛋白组学分析>
-
代谢组学分析>
-
免疫定量>
-
-
多组学联合分析>
-
分子育种>
-
基因合成>
10x Visium FFPE 空间转录组测序——无偏检测组织切片基因表达，还原表达基因位置信息
-
10x Visium FFPE 空间转录组测序：10x Visium
FFPE空间转录组产品以高分辨率来展示组织不同位置的基因表达信息，增加信息检测维度。该产品具有样本准备简单、分辨
率高、灵敏度高和无偏检测基因表达等特点。
技术路线
切片
质控
染色成像
探针杂交
建库测序
数据分析
-
探针杂交
针对人（＞18000基因）和小鼠（＞20000基因）mRNA设计特异性探针，每个探针分为左侧探针（LHS）和右侧探针（RHS）两部分：LHS包含read 2 测序引物结合序列和特异性序列，RHS 包含特异性序列和polyA序列。LHS与RHS的特异性序列与mRNA结合后，连接形成完整的探针序列。再经过透化等过程，将探针释放与玻片的Oligo序列结合和延伸，最终构建成完整的文库。
10x Visium 玻片
-
10x Visium 玻片上的Oligo序列与探针的ployA序列结合和延伸，形成含带有barcode的核酸片段，再连接测序接头。
10x Visium载玻片包含4个捕获区域（对应4张切片），可制备4个转录组文库；
每个捕获区域面积为6.5 mm x 6.5 mm, 约有5000个spot；
每个 spot 位点直径55 μm，含有大量UMI标签，可以覆盖1~10 细胞;
信息分析
数据经过严格质控，采用10x Visium官方分析流程和自主开发分析流程，将染色图像与表达数据相结合，获取空间位置表达信息，确保数据分析准确性和可靠性。| 10x Visium FFPE 空间转录组 | 分析内容 |
|---|---|
| 数据处理 | |
| 数据质控 | |
| 数据比对 | |
| 表达定量 | |
| Space ranger /Seurat 分析 | |
| PCA降维 | |
| 聚类/降维分析 | |
| 差异表达分析 | |
| 小提琴图 | |
| 聚类热图 | |
| t-SNE/UMAP展示 | |
| 空间位置展示 | |
| 富集分析 | |
| Reactome 富集分析 | |
| 聚类GO 富集分析热图 | |
| KEGG 富集分析 | |
| 高级分析 | |
| Spot 定义 | |
| 轨迹分析 | |
| 拷贝数分析 | |
| WGCNA共表达 | |
| 肿瘤特征分析 |
应用方向
-
肿瘤学：肿瘤微环境、肿瘤异质性、疾病进展、癌症形态、三级淋巴结构
免疫学：免疫细胞浸润、免疫细胞基因表达特征、免疫细胞传播
发育生物学：人类发育过程中空间位置表达、发现组织中与形态相关的基因
神经科学：绘制脑部细胞层、解析正常和病变区域表达特征
病理学：增加表达维度的形态学结论、基因表达验证病理准确性
送样建议
| 样本类型 | 送样量/样 | 保存条件 | 运输条件 |
|---|---|---|---|
| FFPE 组织块 | 1块 | 密封后，4℃保存 | 冰袋运输 |
常见问题
-
1.为什么选空间转录组测序技术，它能为我们带来什么样的结果？
-
在生物学中，“空间”这个概念具有非常重要的意义，可以用来描述生物网络的相互作用，例如：
（1）胚胎发育时期，细胞处于胚胎中的位置不同，有着不同的发育命运，从而形成特定的器官。
（2）肿瘤的发生，生长，转移及演化与肿瘤所处的微环境有着密切的关系，肿瘤细胞，肿瘤相关的基质细胞（stromal cell）及周围的血管，组织免疫细胞等共同形成了“肿瘤微环境”，肿瘤与环境之间既可以相互促进又可以相互拮抗，因此利用空间转录组对肿瘤微环境的研究对于认识肿瘤的发生，发展，转移和治疗有着重要的意义。 每个细胞处于不同的微环境中，会出现不同的基因表达模式和功能差异。只有结合它们的空间位置信息，才能更好的诠释该类细胞在特定环境下的生物学功能。
-
在生物学中，“空间”这个概念具有非常重要的意义，可以用来描述生物网络的相互作用，例如：
-
2.10x Visium FFPE 空间转录组产品可以适用于哪些样本类型？
- 10x Visium FFPE 空间转录组空间测序，采用探针杂交后，再捕获建库。目前，10x Visium探针仅限于人和小鼠两个物种。
-
3.FFPE组织尺寸标准，及尺寸不符的处理办法？
- 样本截面大小应不超过6.5 mm × 6.5 mm。稍大的组织样本，比如长条状的，长度在1 cm左右，可在组织切片时通过组织划分的方法获得合适大小的切片。
-
4.样本质检的内容及方法？
-
FFPE切片质检合格后，才能进行空间转录组试验，质检的内容主要包括：
（1）组织形态学检测：
FFPE H&E 染色观察组织形态上是否完整，比如是否有大的裂痕、褶皱等状态。
（2）RNA 完整性检测： 收集10~20片FFPE切片提取 RNA，利用安捷伦2100检测RNA片段长度分布。长度大于200 bp的RNA片段占比超过50%，说明质检合格。
（3）粘附性测试： 每个样本取4张FFPE 切片，在与10x Visium 玻片相同材质的玻片上进行贴片、脱蜡和染色等试验后，观察组织脱片程度。没有脱片或轻微脱片则可继续空间转录组捕获建库。
-
FFPE切片质检合格后，才能进行空间转录组试验，质检的内容主要包括：
（1）组织形态学检测：
FFPE H&E 染色观察组织形态上是否完整，比如是否有大的裂痕、褶皱等状态。
更多内容，可扫描侧边栏"一对一业务咨询"二维码添加科研服务经理咨询。
售后服务可联系侧边栏"在线客服"、电话400-6581585，或发送邮件至 service@novogene.com
南宫NG·28(中国)相信品牌力量有限公司
前台 : 010-82837801
客服 : 400-658-1585
Copyright@2011-2024 All Rights Reserved 版权所有：北京南宫28NG相信品牌力量科技股份有限公司 京ICP备15007085号-1
