10X 单细胞 ATAC-南宫28NG相信品牌力量-单细胞10XATAC

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10X 单细胞 ATAC

产品简介

单细胞ATAC测序是一种利用Tn5转座酶探究染色质可接近性的测序技术。经过改造的Tn5转座酶与细胞核孵育，Tn5转座酶可以靶向染色质开放区进行切割，并一步插入测序接头，大大缩短建库时间。单细胞ATAC测序结果可以展示表观遗传学方面的变化，在单细胞水平揭示染色质的可及性，推算转录因子的结合位点和核小体的区域位置。探究造成基因表达变化的深层原因。图1 scATAC-seq捕获流程

产品特点

高通量：
10x Genomics 单细胞ATAC测序平台利用微流控和凝胶珠技术，可一次性获得成千上万细胞核中的表观遗传信息。一步建库省去后期酶切、加尾、连接的时间，通量高、周期短。
精确：
10x Genomics 单细胞ATAC测序平台利用barcode精确标记每个细胞核和核内DNA，在单细胞水平揭示细胞核内染色质可及性的差异，揭示每个细胞在表观遗传学上的调控机制和动态变化。
联合单细胞转录组获取多组学信息：
（1）Seurat V3多组学整合 普遍适用于各类单细胞测序数据集RNA和ATAC测序方案，单独分析RNA和ATAC之后，对RNA数据以及ATAC数据进行联合降维聚类。
10x scRNA和10x ATAC分开做的方法，使用Find Transfer Anchors鉴定scATAC-seq数据集和scRNA-seq数据集的锚点进行整合分析
10x Multiome使用加权最近邻方法(WNN),对RNA数据以及ATAC数据进行联合降维聚类，分析ATAC和RNA细胞对应关系，对不同cluster的基因进行差异富集分析。
（2）多组学细胞类型之间的相关性分析
对于scRNA-seq数据，得到每种细胞类型关于每一个基因的平均表达量；对于scATAC-seq，得到平均基因活性；之后做归一化，并得到基因的z-score值，然后利用高变基因，计算scATAC-seq 数据和scRNA-seq数据细胞类型的Pearson相关系数
（3）Peak-gene相关性分析：通过基因表达和附近peak可及性的相关性，来找到能调控该基因的peak集合

诺禾优势

1.丰富的项目经验：
单细胞ATAC样本数2000+，涉及物种人、鼠、猪、小麦等20多个物种。
2.过硬的技术实力：
40人资深实验专家团队，进口高端实验设备，六大区域实验室，多点驻地实验员，业务覆盖全国。
3.专业和多样化的分析内容：
深入挖掘ATAC数据，联合转录组进行机制解析，。

信息分析

10x Genomics 单细胞ATAC 产品同时满足了表观遗传学研究与高通量细胞捕获的需求，可以在单细胞水平揭示细胞核内染色质可及性的差异，同时还能够鉴定细胞类型特异的转录因子，深入研究基因调控网络，进一步的分析可以预测转录因子结合位点，推测染色质调控活性，从而在系统发育，疾病发生等重要生物学过程中揭示细胞在表观遗传学上的差异与动态变化。

常见问题

1.为什么选择单细胞ATAC测序技术？
- 同一类型细胞中可能存在很多不同表型及基因型的细胞，单细胞扩增技术通过在单个细胞水平上对基因组进行测序，追溯转录组上游的调控机制，为科学家研究解析单个细胞的行为、机制、与机体的关系等提供了新方向，在神经、发育、生殖等热点研究领域有广泛应用。
2.对于10x scATAC的样本要求？
- 1）物种要求：人、小鼠，其他物种要求有较高质量的基因组；
  2）细胞类型要求：能够制备成高质量单细胞核悬液的类型；
  3）细胞核抽提质量要求：活细胞比例<5%；显微镜下，细胞核形态完整；尽量去除细胞碎片和细胞团，抽提后细胞核总量≥10w。
3.单细胞核悬液制备如何抽核？
- 1）南宫28NG相信品牌力量提供10x scATAC 抽核服务，请联系销售预约；
  2）客户自行抽核，南宫28NG相信品牌力量提供资料和经验参考。
4.单细胞核悬液质检标准？
- 1）细胞活性≤5%；
  2）无碎片和细胞团；
  3）显微镜下核形态完整；
  4）细胞核总量≥10w；
5.染色后的核是否可进行10x scATAC？
- 不可以！结合 DNA 的染料会影响细胞核内的 DNA 构象，导致10x scATAC测序不准确。
6.10x scATAC和10x scRNA如何联合使用？
- 可根据老师需求选取两种方案：1) 10x scATAC+10x scRNA 2) 10x Chromium Single Cell Multiome（ATAC + Gene Expression）
  第 2）种方案可获得同一细胞水平的转录组和ATAC信息，但由于该技术稳定性不高（约60%），我们更推荐第 1）种方案。
  1) 10x scATAC+10x scRNA：转录组适合做细胞悬液的，组织分为两份，一份悬液做10x scRNA-seq，另一份直接抽核做10x scATAC-seq。转录组适合抽核的，抽一份核悬液，分开分别做单细胞转录组和ATAC。后续生信分析，可通过Find Transfer Anchors鉴定scATAC-seq数据集和scRNA-seq数据集的锚点进行整合分析。
  2）10x Chromium Single Cell Multiome：基于同一细胞核的单细胞^3’基因表达和开放染色质分析，可以同时检测同一细胞核的可及性区域数据和转录本数据，实现单细胞的多组学联合分析。
7.开展单细胞ATAC测序，是否必须进行核悬液制备？
- 需要，转座反应需要细胞核分离才能有效工作。如果没有细胞核分离，转座试剂和酶就无法进入核DNA，检测性能将受到严重影响。

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