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基因组测序>
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建库测序>
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人类基因组测序>
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动植物基因组测序>
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微生物基因组测序>
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转录调控测序>
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表观组测序>
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单细胞测序>
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空间转录组>
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基因分型>
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质谱分析>
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蛋白组学分析>
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代谢组学分析>
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免疫定量>
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多组学联合分析>
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分子育种>
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基因合成>
Hi-C—前沿技术带你走进DNA的三维空间
- Hi-C技术是染色体构象捕获（Chromosome conformation capture，简称为3C）的一种衍生技术，是指基于高通量进行染色体构象的捕获，它能够在全基因组范围内捕捉不同基因座位之间的高分辨率空间交互信息，研究三维空间中调控基因的DNA元件。与WGS、RNA-seq、ATAC-seq、 CUT&Tag等多组学联合分析，研究不同物种基因组空间结构（compartment、TAD、loop结构），从而揭示基因组三维结构，解析肿瘤/疾病/物种进化的发生发展机制。 全基因组范围： 全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系。 热点技术： 三维基因组信息作为更高层次的生物学问题解释系统。
技术应用
1、解析染色质三维层级结构，研究空间构象与基因转录调控的关系；
举例：乳腺癌发生与转移不同时期，A/B区室/TAD/loop环空间结构变化如何远距离调控癌症基因表达2、揭示染色质互作模式，描绘3D重构图谱；
举例：不同近缘物种不同发育时期甚至于不同部位进化特征研究-
3、染色质结构变异检测；
举例：猪在增重与减重过程中不同脂肪组织中基因组结构变异与转录调控的关系研究 -
4、个体单倍型研究；
举例：人类健康、动植物分子育种等SNP位点检测
诺禾优势
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1. 物种经验：
南宫28NG相信品牌力量已经成功完成对人、小鼠、大鼠、禽类、哺乳动物、鱼类、贝类、爬行类、拟南芥、水稻、玉米、大豆、棉花、小麦、油菜、花生、果树、林木、蔬菜等多种动植物实验，累计100＋物种，上千种部位。 -
2. 文章经验：
项目文章多发表于Nature、Cell等高分期刊，累积影响因子500+ -
3. 分析服务：
提供单组学与多组学联合的科研服务体系，分析条目丰富；单组学：Compartment A/B、TAD、loop层级分析、3D图谱分析、单倍型分析等；多组学：泛三维基因组、表观多组学联合、定制化分析等等。 -
4. 一站式服务：
专业技术团队出具多样化科研方案，实现售前-售中-售后便捷式高效服务体系。 -
5. 周期快、质量好、稳定性高
南宫28NG相信品牌力量基于全面的物种实验库以及优质的测序平台，实现快速、稳定的测序数据分析及交付。<6
样本量40D
建库测序周期.NovaSeq X plus
测序平台
信息分析
基于全基因组的互作信息，获得高分辨率的染色质三维结构信息，并能开发调控基因的DNA元件。| 构建染色体跨度单体型 | 三维结构重构以及调控元件开发 |
|---|---|
| 测序质量评估 | |
| Hi-C数据质控比对统计 | |
| NT库比对 | |
| 比对参考基因组 | 比对及过滤 |
| SNP检测与注释 | 互作图谱构建 |
| InDel检测与注释 | TAD分析 |
| 基因组杂合度统计 | 三维结构重构 |
| 染色体跨度单体型构建 | 调控元件的开发 |
关联分析
基于多组学文章中的应用场景和经验，南宫28NG相信品牌力量搭建了内容丰富的Hi-C与RNA-seq关联分析流程，以助力科研者们发表高分文章。| Hi-C与RNA-seq关联分析 | 1. Compartment转换与转录组的关联 |
|---|---|
| 1.1 Compartment A/B与表达变化 | |
| 1.2 Compartment A/B与差异表达基因的交集基因的GO富集分析 | |
| 1.3 Compartment A/B与差异表达基因的交集基因的KEGG富集分析 | |
| 2. 差异互作区域对应的差异表达基因表达情况 | |
| 2.1 差异互作区域对应的差异表达基因的表达水平情况 | |
| 3. 保守TAD区域对应的基因表达情况 | |
| 3.1 保守TAD的鉴定 | |
| 3.2 保守TAD的分类 | |
| 3.3 各类TAD中表达水平上调的基因的比例 | |
| 3.4 各类TAD中基因表达水平变化分布 |
送样建议
| 样本类型 | 这样建议（单文库量） |
|---|---|
| 新鲜动物组织 | ＞500 mg |
| 新鲜植物组织 | ＞1 g |
| 新鲜培养细胞数量（需要客户固定） | ＞2×106个 |
常见问题
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1. 测序深度为多少？
一般推荐100×，因为测序深度越高，分辨率越高。根据物种人、小鼠等项目经验，深度达到150X时，分辨率能达到10Kb。
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2. 3C、4C、5C、ChIA－PET与Hi－C技术有什么不同？
3C捕获点对点的染色体信息；4C可以捕获点对多的染色体信息；5C和ChIA－PET可以捕获多对多的染色体信息；Hi-C可以捕捉全基因组范围内的互作信息，包括染色体内和染色体外的相互作用。
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3. Hi-C的三维结构怎么验证？
一般是根据FISH的数据来验证3D结构的准确性，因为FISH数据是在显微镜成像所观察到的真实的染色体之间的三维结构；目前，局限于FISH数据的获得， 我们验证3D结构正确性的方法是先获得人的染色体的三维结构。若该三维结构经过FISH数据验证为准确的，则将构建人的染色体三维结构的方法移植到其他物种上，以构建其他物种的三维结构。
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