DSP 空间转录组/蛋白质测序-经典案例




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DSP 空间转录组/蛋白质测序

Inter- and intra-tumor heterogeneity of metastatic prostate cancer determined by digital spatial gene expression profiling

发表期刊:NATURE COMMUNICATIONS
影响因子:14.919
发表时间:2021年2月

一、研究背景

前列腺癌在表型和分子组成上具有瘤内和瘤间异质性。前列腺癌的异质性肿瘤细胞与复杂的生态系统中相互作用;成纤维细胞、血管内皮细胞、免疫细胞、以及生长因子、胶原等成分共同构成支持癌细胞生存和生长的组织学框架。然而,瘤内和瘤间在不同表型中的变化和与免疫微环境相关性仍待评估。

二、研究路线

三、研究结果

  • 1. AR(雄激素受体)可以调节细胞分化、生存和增殖程序基因的表达。抑制AR信号可促进小细胞NE(神经内分泌)表型转分化的耐药途径发展;同一个病人或同一个瘤的ROI表达更相似,不同病人的肿瘤ROI表型差异更大。
  • 2. 15-0096M 样本被bulk RNA-seq数据分类为AR+/NE+亚型,然而DSP数据显示为AR+/NE-特征。利用该样本完整切片,选择12个ROI测序,肿瘤区域近端ROI是AR+/NE-;肿瘤区域远端大部分ROI是AR-/NE+或者是AR-/NE-特征。
  • 3. 转录组和蛋白质数据中验证PPD-1和CTLA4在90%的前列腺癌ROI中表达量较低;B7-H3/CD276在大部分样本的转录组和蛋白质水平中表达,常见AR+/NE-表型中。

四、研究结论

前列腺癌转移灶在病人间异质性较强,瘤内异质性较低;B7-H3免疫检查点在大部分样本中表达量较高。

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