10x Visium HD空间转录组
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    10x Visium HD 空间转录组测序

    10x Visium HD空间转录组测序—单细胞级别无间隔检测,全景分析零死角

    • Visium HD 空间基因表达技术代表了高分辨率空间 转录组学的前沿。它通过单细胞级分辨率提供全转录组数据,结合新型载玻片结构和 Visium CytAssist 支持的工作流程,从人类或小鼠组织样本中获取高质量数据。自上市以来,Visium HD 展现了强大的发现能力,该平台现可兼容石蜡包埋(FFPE)样本和新 鲜冰冻(FF)样本,能够多样化地挑选符合研究需求的样本,助力研究人员深入理解生物样本的复杂性和功能。

    技术路线

    • 探针杂交

      针对人(>18000基因)和小鼠(>20000基因)mRNA设计特异性探针,每个探针分为左侧探针(LHS)和右侧探针(RHS)两部分:LHS包含read 2 测序引物结合序列和特异性序列,RHS 包含特异性序列和polyA序列。LHS与RHS的特异性序列与mRNA结合后,连接形成完整的探针序列。再经过透化等过程,将探针释放与玻片的Oligo序列结合和延伸,最终构建成完整的文库。
    • 10x Visium HD玻片

      10x Visium HD玻片上的Oligo序列与探针的ployA序列结合和延伸,形成含带有barcode的核酸片段,再连接测序接头。
      10x Visium HD载玻片包含2个捕获区域(对应2张切片),可制备2个转录组文库;
      每个捕获区域面积为6.5 mm x 6.5 mm, 约有1100000个检测位点;
      每个检测位点直径2 μm,含有大量UMI标签,可以实现单细胞级别检测;

    信息分析

  • 根据空间基因表达谱探究不同细胞类型的位置和功能信息
  • 空间拟时序分析可展示组织微环境下的细胞分化轨迹
  • 利用基因表达差异数据揭示组织异质性
  • 探究空间背景下细胞间的相互作用关系
  • 通过差异基因筛选细胞或疾病的marker基因
  • 富集分析可展示在特定条件下富集的生物学功能或基因通路
  • 应用方向

    • 肿瘤学:

      肿瘤微环境、肿瘤异质性、疾病进展、癌症形态、三级淋巴结构
    • 免疫学:

      免疫细胞浸润、免疫细胞基因表达特征、免疫细胞传播
    • 发育生物学:

      人类发育过程中空间位置表达、发现组织中与形态相关的基因
    • 神经科学:

      绘制脑部细胞层、解析正常和病变区域表达特征
    • 病理学:

      增加表达维度的形态学结论、基因表达验证病理准确性

    拓展材料

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