Stereo-seq FFPE空间转录组测序分析

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Stereo-seqFFPE空间转录组测序

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Stereo-seqFFPE空间转录组测序-超高分辨率、全物种的原位全景式技术

Stereo-seqFFPE空间转录组技术能同时检测到组织里每个细胞的基因信息和空间位置，其使用的芯片是基于DNBSEQ测序技术研制的具有空间位置信息的、阵列式排布的DNA纳米球空间捕获芯片。该芯片可以实现超高精度和超大视野的生命分子成像，其分辨率可达500纳米（单个细胞可被400个像素点捕获）。实现器官和生命全景分子细胞图谱的绘制。

技术路线

信息分析

根据空间基因表达谱探究不同细胞类型的位置和功能信息	空间拟时序分析可展示组织微环境下的细胞分化轨迹
利用基因表达差异数据揭示组织异质性	探究空间背景下细胞间的相互作用关系
通过差异基因筛选细胞或疾病的marker基因	富集分析可展示在特定条件下富集的生物学功能或基因通路

应用方向

常见问题

1.Stereo-FFPE相比与Visium HD有什么优势？
- 答：两个技术同样都是高分辨率的空间转录组学技术，Visium HD基于人鼠特异性的探针捕获原理，对于低表达量基因捕获效率更好，而Stereo-FFPE基于随机引物捕获原理，不仅可以应用于人和小鼠，也可对其他物种样本进行时空组学信息挖掘。可同时实现 mRNA 和 non-coding RNA的原位捕获。可同时捕获微生物及其宿主的空间表达信息，进而探究宿主与微生物的互作关系。
2.Stereo-FFPE空间转录组能够兼容的样本类型有哪些？
- 答：除了兼容福尔马林固定石蜡包埋的组织块（FFPE）以外，对于无法邮寄石蜡块的老师，可以选择展平的石蜡片放入50ml离心管中（不贴片）4-6张（每张单独放一个离心管内）邮寄至南宫28NG相信品牌力量
3.Stereo-FFPE空间转录组对于样本质量的要求是什么？
- 答：需要石蜡样本DV200值≥30%
4.Stereo-FFPE空间转录组测序结果中，lncRNA一般占比是多少？
- 答：lncRNA MID/Total MID：人样本为6%~12%；小鼠样本为5%~9%（该数据针对部分研发数据分析，因受样本量限制，您的实测数据中该比例可能会略有差异）。
5.对于FFPE样本目前可以做ssDNA染色后再添加邻片H&E图像作为底片加进去用来做组织分割吗？如果用H&E染色来做细胞分割，目前有第三方接入流程吗？
- 答：可以邻片H&E切片圈组织结构，受邻片配准精度限制，组织分割结果需要用户手动介入进行调整；另外H&E染色做细胞分割效果可能不佳，如果您有细胞分割的需求，我们建议您选择ssDNA染色方案，时空StereoMap软件兼容任何第三方软件的细胞分割结果。
6.Stereo-FFPE空间转录组分析结果中，微生物检测，一次能检测到多少种微生物？可以看到捕获的基因数吗？
- 答：对于微生物的检测种类，主要看数据库的选择。我们提供了相对权威的数据库Kraken2 ，但用户也可以自己配置其他数据库到流程中；目前对于微生物可以定位到“种”，目前是看不到捕获的微生物基因数。（因为数据库主要作用是菌种鉴定）