Xenium原位基因表达检测

Xenium空间原位基因表达平台

Xenium平台介绍-全新亚细胞级别原位检测技术

Xenium原位基因表达分析技术能够以亚细胞分辨率提供高灵敏度、大于5000个靶向基因的表达信息。Xenium分析仪将单分子RNA 杂交与强大的光学、数据采集和解码技术相结合，可以在整个组织切片上一站式快速检测分析物。该平台可与新鲜冷冻(FF)和福尔马林固定、石蜡包埋(FFPE)组织兼容。在肿瘤生物学、神经科学、发育生物学、感染、药物研发等多个研究领域提供前所未有的微观解析视角。

技术路线

(1) 探针杂交&连接、滚环扩增
目标基因mRNA特定位置两端区域探针互补结合，探针序列上带有几段特别标签序列“gene-specific barcode”，标签序列可结合特定荧光标记oligo ，通过DNA 连接酶，以目标基因 mRNA为模板，探针两端连接形成环状单链DNA ，加入DNA 聚合酶和引物，沿环状DNA探针进行滚环复制，可使探针序列扩增数百倍，以放大后续荧光检测信号强度。
(2) 染色（可选多模态细胞染色）
使用细胞膜/细胞内容物/细胞核等多种标记oligo的混合抗体进行切片孵育。
(3) 荧光探针杂交，成像&解码
有特定序列并带有不同颜色的荧光基团的oligo与探针上（gene-specific barcode 中）的某一段序列进行杂交，杂交后该段序列位置会在激发光的照射下发出对应颜色的荧光。经多轮荧光oligo杂交洗脱后，每个探针就会以先后顺序展现出独有的荧光编码。将拍照所得到的实际荧光编码与探针设计之初时标签所对应的荧光“密码本”进行比对，便可确定切片不同位置发出荧光的是哪一种探针以及这个探针所针对的基因。

信息分析

医学分析内容

应用方向

常见问题

1.Xenium只有几百个或几千个基因的检测通量，而HD能够进行全转录检测，Xenium是不是没有必要做？
- 首先HD是单细胞水平，非单细胞，无法进行精准的细胞分割，Xenium可以做到亚细胞分辨率；其次5000基因集，探索研究型基因集，低丰度的信号通路，特异性基因检出更加灵敏
2.Xenium是否可以进行蛋白检测？
- Xenium目前只支持转录组检测，蛋白检测正在开发中，预计2025年上市
3.Xenium现在可以支持的样本类型？
- 兼容多种组织类型（如新鲜冷冻（FF）、福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）、组织芯片（TMA）、类器官等）组织块